清塘應在修整池塘結束后、魚苗放養前10-15天進行，即用各種藥物殺死野雜魚、致病菌、寄生蟲和其他敵害生物。清塘時常因養殖品種的不同、多發疾病的不同及藥物來源便利而使用不同類的清塘藥物，如苗種池常使用通殺型的清塘劑，而蝦蟹養殖塘中常使用選殺型的清塘藥。清塘的藥物種類很多，應根據各地特點選擇應用。這里介紹一些常用且效果較好的方法。
一、化學類
1.生石灰：
利用生石灰清塘有兩種方法，一種是干法清塘，常見做法是將池水排到6-10厘米深，在塘內底部挖若干個水坑，將生石灰分別放入水坑中溶化，不等坑中水冷卻，將坑中石灰水向池塘內四處潑灑。每畝池塘用量60-75公斤，視池塘底泥老化程度適當增減。第二天須用鐵耙攪動塘泥，使生石灰漿與淤泥充分混合，以發揮其改善底質的功效。另外一種方法是帶水清塘，即不排出池水施用生石灰，可以直接傾倒到池塘中，但是最好是用竹籮筐盛裝生石灰，由人穿著水褲下塘，端著籮筐在水塘中左右振蕩，以保證生石灰在水中充分溶解，注意身體肌膚不要直接接觸正在溶解的生石灰，避免燙傷。生石灰每畝每米水深用量125-150公斤。需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池。其優點是防病效果比干池清塘更好，缺點是成本高，生石灰用量比較大。
利用生石灰清塘是因為生石灰遇水會生成氫氧化鈣，在短時間內使池水pH值上升到11以上，同時放出大量的熱，因此可以殺滅野雜魚類、蛙卵、蝌蚪、昆蟲、雜蝦蟹、螞蟥、絲狀藻類、寄生蟲、大多數病菌。生石灰清塘后產生的氫氧化鈣可以保持池水略顯堿性，防止酸化。生石灰可改良底質的通透性，增加鈣肥，為動植物提供營養物質。使用時需現買現用，且應在睛天使用，其清塘效果受水體堿度影響。但必須選擇剛剛出窖的塊狀石灰，而不要選擇那些塊少粉多的貨色，因為粉灰是生石灰潮解后與空氣中二氧化碳結合形成的碳酸鈣，已經失去清塘功效了。但必須注意的是堿性較強的水體不能用此法清塘。
2.漂白粉
漂白粉是使用了多年的第一代消毒劑，又稱含氯石灰，為白色顆粒狀粉末，用漂白粉清塘有兩種方法：干法清塘一般留池水5厘米～10厘米，漂白粉用量為每畝6千克～15千克；另一種是帶水清塘，漂白粉用量為20毫克／升。清塘后4～5天藥性消失，即可放魚。漂白粉的殺菌效果比生石灰強，漂白粉清塘具有藥力消失快，用藥量少，有利于池塘的周轉等優點，缺點是沒有使池塘增加肥效的作用。
漂白粉有效氯含量在30％左右，遇水后分解出次氯酸和次氯酸離子，而次氯酸與次氯酸離子極不穩定，可放出活性氯和初生態氧，殺死魚類、蛭類、蝌蚪、螺、水生昆蟲、寄生蟲和病原體。但漂白粉有效氯含量不穩定，易揮發，使用時應先檢測其有效含量。
3.氨水
氨水呈強堿性，高濃度的氨水能毒殺魚類和水生昆蟲等，同時氨水也是一種很好的液體氮肥，能促使浮游植物大量繁殖消耗水中游離二氧化碳，使池水pH上升，從而增加水中分子氨的濃度，容易引起魚中毒。因此用氨水清塘之后最好再施用一些有機肥，促進浮游動物生長以抑制浮游植物過度繁殖。氨水清塘時一般將池水排干或留水深10厘米左右，畝用氨水50公斤，加水加干塘泥攪拌后全池均勻遍灑，加干塘泥的目的是減少氨水揮發。需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池。氨水清塘的優點是成本低，促使魚成活率高，生長快，發病少，缺點是不能殺滅螺螄。
二、農藥類
用于清塘的農藥有二種，一種是殺蟲劑，另一種是滅螺劑，前者常用于清除池塘中的野雜魚與蝦類，后者常用于清除池塘中的野雜魚與螺蚌。本類藥物用量少，但常無殺菌作用，更無改良池塘環境的功能。
1.殺蟲劑
農藥類的清塘藥物有菊脂類、有機磷類(如敵百蟲)等。農藥作為清塘劑使用時主要是利用其對魚蝦類的毒性，低劑量時有的殺蟲劑常用于防治魚類寄生蟲病，而高劑量時則用于清塘，以殺滅水體中的魚蝦類，但其對細菌等其它的致病生物無作用，更不可能改善池塘環境。
2.滅螺劑
滅螺藥物主要有氯硝柳胺、五氯酚鈉和煙酰苯胺等。在水產養殖過程中為殺滅池塘中的有害螺類，也常采用滅螺劑作為清塘藥物。
(1)氯硝柳胺
含量50％氯硝柳胺為黃棕色可濕性粉劑，無特殊氣味，對皮膚無刺激，對人畜毒性低，可直接加水稀釋應用。殺螺時用2g/m3水體。氯硝柳胺能殺滅魚類、螺蚌類、螞蟥及寄生蟲，且在3g/m3水體的濃度內對蝦蟹無任何影響。在清塘時常用氯硝柳胺作為殺魚殺螺劑，但對致病菌無作用。
(3)煙酰苯胺
是以煙酸和苯胺為主要原料合成的一種白色或灰色粉末的殺螺藥，具有殺螺效果好，對魚類低毒、用量少、使用方便等特點。滅釘螺的濃度為0.4g／m3。本品對皮膚有強烈刺激，使用時要避免與裸露皮膚接觸。目前常與其它藥物復配，用于養殖塘中清除螺蚌類。
（4）甲苯咪唑
主要用于殺螺，對魚、蝦、蟹等均安全，但斑點叉尾鮰、黃顙魚等除外。
3.撲草凈
屬于除草清塘劑，殺滅的主要雜草如下：漂浮性植物的漂葉菜、馬萊眼子菜、雞頭米等。藻類植物的青泥苔、魚網藻、輪葉黑藻、茨藻等；禾本科植物的菱角、三棱草、小葉張、蘆葦、蒲草、水稗草等。用法與用量"國標產品有"35%撲草凈粉"。養殖前用量為每畝用1千克；養殖過程中除青苔可以選擇國標"35%撲草凈粉"，用量為每畝水體水深1米用200克。
三、植物
以茶粕為代表的植物類清塘藥，其共同特點是均有殺魚的作用，部分的殺螺的功能，但往往用量過大，且殺魚不徹底，更無殺菌的作用，使用時常需其它藥物配合才能達到徹底清塘的目的。
1.茶粕
茶粕是油茶的果實經過榨油之后剩下的渣滓。茶粕含有皂素，通常含量有7%-8%。皂素又稱皂角苷，是一種溶血性毒素，能使魚的紅細胞溶化，故能殺死泥鰍等各種野雜魚類、螺螄、河蚌、蛙卵、蝌蚪和一部分水生昆蟲，但對病菌、蝦蟹毒力不強，常用于蝦蟹養殖塘中清塘。皂素易溶于堿性水中，使用時加入少量石灰水，藥效更佳。由于茶粕的蛋白質含量較高，因此它還是一種高效餅肥，對淤泥少、底質貧瘠的池塘可起到增肥作用。
使用時將茶粕敲成小塊，放在容器中，在水溫25℃左右浸泡一晝夜即可使用，施用時再加水，均勻潑灑于全池，池塘水深1米用量為35-45公斤，上述用量可視塘內野雜魚的數量而增減，對不鉆泥的魚類用量少點，反之則多些。需要7-10天后藥效消失才能將魚蝦苗入池。
茶粕的特點主要有四點：①綠色藥物，無毒性殘存，對人體無影響，使用安全；②不殺死水草，對水草有促長效果；③對蝦、蟹幼體無副作用，并可促進蝦、蟹脫殼；④具有增加肥效的作用，在繁育蝦苗和培育幼蟹的池塘使用，可明顯提高蝦苗和幼蟹的出塘率。
2.魚藤精
利用魚藤和魚藤屬植物鮮根在水中搗碎，用其乳液來毒魚已有數世紀之久的歷史。水產養殖清塘時常用魚藤精，魚藤精的有效成分是從豆科植物魚藤的根部提取的物質，魚藤精一般含25%魚藤酮。魚藤精清塘用量為2g/m3。魚藤精能殺死野雜魚類和部分水生昆蟲，對致病菌也具有一定的殺滅作用。對蝦蟹類及餌料生物：毒性較低。因此，適用于蝦蟹池的清池除害。但在蝦蟹類脫殼時應避用，以免造成死亡。
3.巴豆
巴豆是江浙一帶用的清塘藥物，目前很少使用。每667m2平均水深1m，用量為3-5kg。使用時將巴豆搗細裝入壇內，用3％鹽水浸泡密封，經2-3d后將巴豆連渣帶汁沖稀后全池均勻潑灑。巴豆只能殺滅大部分魚類，對致病菌和寄生蟲，蛙卵、蝌蚪、水生昆蟲沒有殺滅作用，也沒有改良底泥的作用，毒性消失時間lOd左右。巴豆對人的毒性很大，有的人接觸或者熏染到巴豆的氣味后頭和手腳都會發腫。施巴豆后，池塘附近的蔬菜等需要過5-&t后才能食用。
不同養殖對象清塘藥物選擇
1.魚苗池
魚苗躲避敵害生物、爭奪食物及生存資源的能力較差，應選用通殺型清塘劑，如生石灰、漂白粉、三氯異氰脲酸。值得注意的是如堿度較高的鹽堿地池塘不宜使用生石灰，可以選擇三氯異氰脲酸。
2.常規魚池塘
養殖青、草、鰱、鳙、鯉、鯽、鳊、魴等常規品種的池塘清塘，重點在于殺滅兇猛肉食性魚類及野雜魚，同時還需殺滅寄生蟲及致病菌。可以選擇生石灰、漂白粉、三氯異氰脲酸、魚藤酮、溴氰菊酯等/。有絳蟲病史建議使用氯硝柳胺等藥物以殺滅螺螄。
3.肉食性魚類池塘
青魚、鯉魚養殖塘應考慮保存螺蚌類，可選擇魚藤酮或者茶粕；養殖烏鱧、黃顙魚、鯰及叉尾鮰等建議使用生石灰、漂白粉等通殺型清塘藥。
4.常規魚和蝦蟹混養池
可以考慮對蝦蟹影響較小的茶粕、氯硝柳胺等。
5.蝦蟹塘
若是首次養殖須殺滅池塘中的一切不利生物因子，可選擇通殺型清塘劑。如果需要保存池塘中的蝦蟹類，可選擇魚藤酮。
注意事項：
1.清塘效果與環境有很大關系。清塘適宜選擇晴天，這樣溫度較高，藥物的作用比較強烈，能提高清塘的效果。如果清塘時，長期低溫，清塘藥物難以降解，易沉淀在池底，被砂土吸附，緩慢釋放易導致所放苗種死亡。
2.由于水溫的差異及各種水產動物對藥物耐受程度的不同，放養前必須用養殖水產品試一試（俗稱試水），在證明清塘藥物毒性消失后，方可大批放養水產苗種。
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